Archiwum Państwowe w Zamościu jest państwową jednostką budżetową.
Działalność finansową Archiwum określa ustawa z dnia 26 listopada 1998 r. o finansach publicznych (tekst jednolity: Dz. U. z 2003 r. Nr 15, poz. 148 z późniejszymi zmianami). Majątek Archiwum stanowi własność Skarbu Państwa i może być wykorzystywany jedynie do celów związanych z działalnością statutową Archiwum.

Archiwum Państwowe w Zamościu posiada majątek (środki trwałe) o łącznej wartości netto 1.016 tys. zł, w tym:
- nieruchomości o wartości 685 tys. zł – należący do Skarbu Państwa budynek znajdujący się w nieodpłatnym zarządzie Archiwum.
- majątek ruchomy o łącznej wartości 331 tys. zł – zainstalowane w magazynach budynku regały jezdne, sprzęt komputerowy, komora odkażająca i inne urządzenia.

Wartość majątku oszacowano według wartości netto na podstawie bilansu za rok 2002, z uwzględnieniem inwestycji z roku 2003.
Do składania oświadczeń w zakresie praw i obowiązków majątkowych oraz podejmowania zobowiązań finansowych upoważniony jest wyłącznie dyrektor Archiwum lub ustanowieni przez niego pełnomocnicy.
Archiwum prowadzi również działalność pozabudżetową w postaci środków specjalnych.