Archiwum Państwowe w Zamościu utworzone zostało na podstawie zarządzenia Ministra Oświaty z dnia 21 lipca 1950 r., następnie zarządzenia nr 4 Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki z 21 stycznia 1976 r. w sprawie utworzenia wojewódzkich archiwów państwowych.
Obecnie jego działalność regulują:
- Ustawa z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (tekst jednolity Dz. U. z 2002 r. Nr 171 poz. 1396 z późniejszymi zmianami),
- Statut Archiwum Państwowego w Zamościu (zarządzenie Nr 14 Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z dnia 7 lipca 1998 w sprawie nadania statutu Archiwum Państwowemu w Zamościu).